大地震之后,德卡瓦略-梅洛获得更大实权,成为一名强势而进步的独裁者。反对他的势力亦越发壮大,其与贵族的争端亦愈加频繁。1758年若泽一世在一次刺杀中生还,随之而来的快速审判将涉案的塔沃拉家族和阿韦罗公爵(英语:Duke of Aveiro)处死。葡国耶稣会被驱逐出境,财产亦为国家所没收。德卡瓦略-梅洛起诉了所有疑似涉案者,妇人及儿童亦未能幸免。德卡瓦略-梅洛亦得以排除异己。1759年,若泽一世封德卡瓦略-梅洛为奥埃拉什伯爵。
1820年,波尔图爆发“自由革命(英语:Liberal Revolution of 1820)”,并迅速蔓延至全国。革命者要求废除旧君主专制,仿效英国实行君主立宪。1821年,王室应议会回国,若昂六世之子佩德罗留任巴西摄政王。1822年,议会批准实施新宪法。新宪法及君主立宪制度仅实施不满一年,便为米格尔王子所发动的军事政变所终止,君主专制制度随之恢复。1820年的自由革命尽管最终未能达到目的,但在葡国传播了自由民主的思想,影响了19世纪的葡萄牙的社会面貌。
巴西独立
同期,巴西亦发生动乱。1821年,葡议会决定取消巴西的王国地位,复归里斯本管辖,招致巴西进步人士及摄政王佩德罗不满。随后,葡国驻军与巴西民兵发生了多次武装冲突;1822年1月,议会勒令佩德罗回国,佩氏回绝。8月,葡国议会决定撤销佩德罗的摄政王职务,并出动大军进占巴西。9月,佩德罗宣布独立、改称巴西皇帝,建立了独立的巴西帝国,随后爆发巴西独立战争(英语:War of Independence of Brazil)。葡军无力平息巴西的独立浪潮,1825年,葡萄牙承认巴西独立。
王位继承危机
1826年,若昂六世驾崩,而法定的王位继承人是巴西皇帝佩德罗一世,而觊觎王位的米格尔王子拒不承认——这再次造成了葡萄牙的王位继承危机。佩德罗起初宣布继承葡萄牙王位,但遭到葡萄牙人和巴西人双方的反对,放弃继承权,改立其七岁的女儿玛丽亚为葡国女王,姐姐伊莎贝尔·玛丽亚(英语:Infanta Isabel Maria of Portugal)担任摄政。同年,佩德罗颁布“宪章(英语:Charter of 1826)”,以重建君主立宪制度。米格尔王子自立为王、并领导专制派武装同佩德罗的宪政派对抗,内战(英语:Portuguese Civil War)爆发。1834年米格尔被击败,流亡至奥地利;佩德罗亦与是年离世。玛丽亚重新成为葡萄牙女王,称玛丽亚二世。