19世纪,古巴涌现了一些著名的科学家,如发现黄热病传染的病医学家卡洛斯·芬利(Carlos J. Finlay, 1833~1915)、动物学家费利佩·波埃(Felipe Poey,1799~1891)等,在他们的努力下,古巴的科学达到了一定的水平。1861年5月19日成立了医学、物理学和自然科学院(La Academia de CienciasMédicas, Físicas y Naturales)。
1962年,古巴成立了科学院。古巴科学院下设30多个研究所和研究中心。自1980年至1994年,科学院是古巴科技方面的领导机构,除古巴科学院外,古巴党中央、国务院、政府各部、大学、军队和一些大企业等也设立了一系列研究机构。1994年根据古巴国务委员会法令,由新成立的科学、技术和环境部(Ministerio de Ciencia,Tecnologia y Medio Ambiente,CITMA)取代科学院来领导全国的科技和环保工作,并领导全国原子能委员会。
全国成立了科学和技术创新体系(Sistema de Ciencia e InnovacionTecnologica),组成若干个专业阵线(frentes tematicos)和15个科技中心(poloscientificos),有12个是省级的科技中心,另外还有3个中心:哈瓦那西部科技中心、工业科技中心、人文科学研究中心。