多米尼加河流短小，水势湍急，主要有流经锡瓦奥谷地的北亚克河和流经东北部贝加雷阿平原的尤纳河，均有灌溉和发电之利。河域广布，其中有四大水系，从中央山脉发展出来的Yaque del Norte（北亚盖河）为多米尼加最主要也是最长的河流，北亚盖河灌溉了肥沃的Cibao谷地，最后从西北边的基度山海湾出海。中央山脉东边延伸出来的 Yuna（育纳）河，经过东边的Vega Real（皇家草原）后，流入东北边的Samaná（山美纳）海湾里。中央山脉南边的Yaque del Sur（南亚盖河）往南灌溉圣湖安谷地，最后流向加勒比海。Artibonito河（320公里长）源于中央山脉并往西行，虽为岛上最长的河流，但是Artibonito河流主要流经区域多位于海地国内，为海地最重要的河川。多米尼加最大的湖为Enriquillo湖（300平方公里），位于多国西南部，其位置低于海平面40米，气候干燥，为一咸水湖。海岸亦有多处潟湖。