然而,玻利瓦尔的意图是在由哥伦比亚、委内瑞拉和厄瓜多尔组成的被解放的西班牙新格拉纳达领土之外建立一个名为大哥伦比亚的新共和国。玻利瓦尔在安东尼奥·何塞·德元帅的帮助下阻止了圣马丁的计划苏克雷和大哥伦比亚解放军,从安第斯山脉下山,占领了瓜亚基尔;他们还将新解放的Audiencia de Quito并入大哥伦比亚共和国。这发生在圣马丁的秘鲁军队到达并占领瓜亚基尔前几天,_打算将瓜亚基尔并入基多(厄瓜多尔)的其他Audiencia地区和未来的秘鲁共和国。历史文献多次指出,圣马丁告诉玻利瓦尔他来到瓜亚基尔是为了从西班牙手中解放印加人的土地。玻利瓦尔通过派遣瓜亚基尔欢迎圣马丁和他的部队来到哥伦比亚土地的消息。
哈恩、通贝斯和瓜亚基尔的秘鲁占领。
在南部,厄瓜多尔在法律上对位于扎鲁米拉河和通贝斯河之间的名为通贝斯的太平洋沿岸的一小块土地拥有主权。在马拉尼翁河横穿的厄瓜多尔南部安第斯山脉地区,厄瓜多尔在法律上对一个地区拥有主权它叫做Jaén de Bracamoros。1819年12月17日,在大哥伦比亚共和国成立的安哥斯图拉会议期间,玻利瓦尔将这些地区划为大哥伦比亚领土的一部分。通贝斯于1821 年1月17日宣布从西班牙独立,哈恩德布拉卡莫罗斯于1821 年6 月17 日在没有革命军队的任何外部帮助的情况下。然而,同年,即1821年,参加特鲁希略革命的秘鲁军队占领了哈恩和通贝斯。一些秘鲁将军,没有任何合法头衔支持他们,厄瓜多尔仍然与大哥伦比亚,曾想以牺牲大哥伦比亚为代价,将厄瓜多尔并入秘鲁共和国,觉得厄瓜多尔曾经是印加帝国的一部分。