768至814年，法兰克王国征服了巴尔干半岛，克罗地亚也因而被纳为其藩属国，后成立了两个公国——潘诺尼亚（英语：Lower Pannonia (9th century)）与达尔马提亚（英语：Duchy of Croatia）。然而随着法兰克王国国势衰微、克罗地亚的势力日益增强，后者越趋于独立，最终法兰克的统治权也随着米斯拉夫大公（英语：Mislav of Croatia）于845年的退位而几乎丧失殆尽:169-170。845至864年期间，特尔皮米尔大公（英语：Trpimir I of Croatia）建立了幅员广大的克罗地亚国家，从公国转为一个实质的封建制国家，尽管承认法兰克王国的地位，但大公拥有克国完整的统治权，他在852年发表的宪章也是克国首次使用“克罗地亚”这个名称的官方文件。法兰克没落后，拜占庭帝国再度征服克罗地亚，克国人民对于依从拜占庭的特尔皮米尔大公之子兹德斯拉夫（英语：Zdeslav of Croatia）十分不满，随后爆发政治动乱，兹德斯拉夫被赶下台，拜占庭的影响力也因此消失。879年，布拉尼米尔（英语：Branimir of Croatia）公爵上台，由于拥有教宗若望八世的支持，克罗地亚也因此成为真正独立、受外国承认的主权国家，布拉尼米尔也成了第一位克罗地亚出身的统治者，世称“克罗地亚的领袖”（Dux Croatorum）。
910年，托米斯拉夫登基。在他为时20年左右的统治期间，克罗地亚不仅取得达尔马提亚和潘诺尼亚的统治权、击溃了后来组成匈牙利的马扎尔人和保加利亚人的入侵（英语：Croatian–Bulgarian battle of 926）。托米斯拉夫成为克国历史上的第一位国王，克罗地亚也就此从公国转为王国。克罗地亚王国在11世纪下半叶的佩塔尔·克雷希米尔四世（1058至1074年在位）与狄米特流斯·兹沃尼米尔（英语：Demetrius Zvonimir of Croatia）（1075至1089年在位）期间发展至巅峰。兹沃尼米尔后被人所暗杀，由斯捷潘二世（英语：Stephen II of Croatia）继任王位，而当后者于1091年逝世后，特尔皮米尔王朝（英语：Trpimirović dynasty）就此终结。由兹沃尼米尔遗孀（匈牙利国王之女）联合了匈牙利国王拉斯洛一世觊觎克罗地亚的统治权，后更因而出兵克国（英语：Battle of Gvozd Mountain），为保有领土完整，克罗地亚于1102年以个人王朝（英语：Croatia in the union with Hungary）的地位并入了匈牙利，由其国王卡尔曼一世统治，但仍保有相当大的自主权。
之后在12到16世纪长达400年的时间里，克罗地亚王国同时受匈王指派的总督（英语：Ban of Croatia）与克国自己的议会所管理。在此期间，东方的奥斯曼帝国正崛起扩张，西方威尼斯人一直想夺取亚得里亚海沿岸的控制权，克罗地亚倍受威胁。时至1428年，威尼斯已获得达尔马提亚大部分地区的控制权，唯受奥斯曼保护的杜布罗夫尼克例外（后来该市发展成了拉古萨共和国，成了当时亚德里亚海唯一能与威尼斯匹敌的城邦）。1463年，奥斯曼征服了克国邻近的波斯尼亚全境，与克国相接壤，后对其发动侵略战争（英语：Hundred Years' Croatian–Ottoman War），于1493年的克尔巴瓦原野战役（英语：Battle of Krbava Field）与1526年的摩哈赤战役中彻底打败了克匈联军，匈王拉约什二世本人也在1527年死于摩哈赤。由于畏惧奥斯曼的统治，克罗地亚贵族议会于1529年宣布归顺奥地利的哈布斯堡王朝，承认斐迪南一世为新的克国统治者，作为交换，斐迪南一世必须对抗奥斯曼帝国，同时要尊重克国人的政治权益。
哈布斯堡王政至奥匈帝国时期
由于奥斯曼帝国军的连捷胜利，奥地利当局于1538年将克罗地亚一分为二，分作平民区与驻军区，后者由帝国政府派遣的军事长官控制，居民都被武装了起来、协助奥军。1593年，奥斯曼在锡萨克战役（英语：Battle of Sisak）中败于克罗地亚，这是前者近百年来的扩张战争中遭受到最惨重的失败之一，两国在边境地带的力量也转为均势。连年与奥地利的战争使奥斯曼帝国的国势趋弱，在1667至1698年的“大土耳其战争”期间，奥军收复了斯拉沃尼亚和大部分原克罗地亚领土，但仅剩波斯尼亚仍在奥斯曼控制之下，这个结果进而造成现在波克两国的边界划分。南方的达尔马提亚也同样在第5与第7次奥斯曼帝国—威尼斯战争（英语：Ottoman–Venetian War (1714–18)）中决定了其归属。与奥斯曼的战争对克罗地亚的人口结构造成强烈的冲击，许多克人移民到奥地利，现今奥国布尔根兰州的克人即是当时移民者的后裔。为了取代这些逃亡的克人，哈布斯堡王室呼吁波斯尼亚和塞尔维亚的东正教徒移入克国的驻军区，特别是在1690和1737至1739年之间，塞尔维亚人迁入克国达到最高峰。在奥斯曼撤军后，这些居民并未离去，就成了日后克国境内的塞族聚集地——克拉伊纳（英语：Krajina）。
不过，在新独立国家中的塞尔维亚人推行大塞尔维亚主义的霸权政策，从政府机关到宗教部门，克罗地亚人都受到歧视与排挤。1921年时，国家通过《维多夫丹宪法（英语：Vidovdan Constitution）》，规定国家实施中央集权体制、不承认南斯拉夫存在不同的民族，取消了克罗地亚人的自治权，这受到长久以来提倡国家施行联邦制的克国人和斯洛文尼亚人的反对，其中反对最大力的是斯捷潘·拉迪奇领导的克罗地亚农民党。令克人和王国政府关系更为紧张的是1928年6月20日，发生了塞尔维亚议员在国民议会（英语：Parliament of Yugoslavia）上对拉迪奇开枪射杀的事件，引爆萨格勒布的学生、工人、市民大规模示威游行，在与警察冲突的过程中又有三名学生被打死，场面更为混乱，最终导致王国的摄政王亚历山大一世于1929年1月6日发动政变，废除宪法、解散国民议会、取消所有政党，建立了个人独裁统治，欲运用镇压方式扑灭本事件。
南斯拉夫王国政府的独裁统治令克罗地亚人强烈不满，权利党（英语：Party of Rights）zhuxi安特·帕韦利奇也因此认定透过谈判无法达成目标，需以武装斗争的方式来建立一个独立的克罗地亚国家，便辗转于他国取得物质支援，建立了非法极端民族主义组织——克罗地亚护国军（后改名为“乌斯塔沙”），在当局铁腕镇压后，乌斯塔沙旋即逃往和南斯拉夫关系不好的意大利王国，潜伏等待时机。亚历山大的独裁于其在1931年颁布新宪法时终止，该法再度宣布南斯拉夫只存在一种民族的说法，并以此让国家组织由单一民族掌握合法化，同时也将国名自“塞尔维亚人、克罗地亚人和斯洛文尼亚人王国”改为“南斯拉夫王国”。继承拉迪奇党zhuxi职位的弗拉特科·马切克（英语：Vladko Maček）也继续领导农民党，提倡南斯拉夫联邦化，经过长期的协商，南斯拉夫首相拉吉沙·兹韦特科维奇与马切克达成协议，于1939年8月27日签署《兹韦特科维奇–马切克协议（英语：Cvetković–Maček Agreement）》，允许建立拥有高度自治权益的克罗地亚省。南斯拉夫中央政府保留控制国防、国内治安、外交、贸易和运输的权力，其余事务都交给了克罗地亚的议会处置。
轴心军占领后不久，南国境内即出现了抵抗运动，分别在德国、保加利亚占领区及意大利占领区，其中克罗地亚独立国境内最多。1941年6月22日，“第1锡萨克游击支队（英语：Sisak People's Liberation Partisan Detachment）”于克罗地亚的锡萨克一地成军，为德军在南斯拉夫、乃至欧洲占领区第一支反法西斯抵抗运动军事单位，这一天后来也成了克罗地亚的“反法西斯战争纪念日”。日后出现了由克罗地亚人约瑟普·布罗兹·铁托所领导的共产党多民族反抗军——“南斯拉夫人民解放军”。这支部队在战火中迅速成长，后来在1943年12月的德黑兰会议中获得同盟国的承认。苏联军占领了罗马尼亚王国及保加利亚王国后开始协助反抗军，并得到了盟军的装备、后勤、训练、空中力量的支持，人民解放军同后者于1944年发动了贝尔格莱德攻势，打败了德军，控制南斯拉夫全境，并在1945年5月推进到了德国本土奥地利地区和意大利国界，后于“布雷堡遣返事件”中屠杀了数千名乌斯塔沙战俘和克罗地亚难民。1942年11月26日，为决定战后南国命运，南斯拉夫共产党与其余反抗势力组成“南斯拉夫反法西斯人民解放委员会”，得到战后以民族平等为基础上的联邦制国家之共识，也因此在第一次会议结束后，各地区之民族创建各自的“反法西斯人民解放委员会”，克罗地亚为最早建立该会的地区。1943年6月13日，“克罗地亚反法西斯人民解放委员会（英语：State Anti-fascist Council for the National Liberation of Croatia）”诞生，宣称成为克罗地亚人民的最高政治机构。1945年4月14日，克罗地亚民族政府成立，大部分成员为共产党人。5月8日，人民解放军开进独立国首都萨格勒布，宣布克罗地亚独立国灭亡。
1980年代，南联邦内长期累积的各种弊端接连爆发，不但先后遭逢严重的经济危机和科索沃动乱，80年代末又发生了东欧民主化革命，两者塞克两民族各持不同态度应对，克罗地亚要求独立作主、脱离联邦，并采取了撤回联邦军队的部分克人、停缴政府预算、示威等行动，而塞尔维亚则提倡维持联邦的统一性，要求联邦收回下放给各共和国的权力。政府则自威望崇高的铁托于1980年5月4日去世后，对局势逐渐丧失了控制力。1990年1月，南联邦执政党“南斯拉夫共产主义者联盟”召开会议，克罗地亚正式要求重组联邦，将政体改为一个各共和国间更为松散的联邦，但遭到塞尔维亚、黑山、马其顿的反对，克国代表因而宣布无限期退出代表大会。同年，克罗地亚举行了首次的多党选举（英语：Croatian parliamentary election, 1990），强硬主张独立的弗拉尼奥·图季曼获胜，更加提高了局势的紧张。克国境内的塞尔维亚人（英语：Serbs of Croatia）认为自己将沦为同当年二次大战的乌斯塔沙迫害的对象，因而选择离开克国议会，宣称将自组“塞尔维亚克拉伊纳共和国”、脱离克罗地亚而独立。1991年6月，克罗地亚正式宣布从南联邦独立（英语：Independence of Croatia），其法律效力自同年10月8日起生效。